Auch die Zucht spielt auf dem Hof Auffarth schon seit Jahrzehnten eine große Rolle, denn jedes Jahr werden drei bis fünf Fohlen der Verbände Oldenburg und Hannover geboren und in der Regel auch in der Obhut von Karl-Heinz Auffarth selber aufgezogen. Ziel der Aufzucht ist die erfolgreiche Vorstellung auf den großen Körplätzen und die Vorbereitung auf eine erfolgreiche Karriere im Sport. Große züchterische Erfolge der Familie Auffarth, die so schon erzielt werden konnten, sind u.a. die gekörten Hengste Sandro Spezial und Coupe D‘Or, mehrere Staatsprämienstuten, Preisspitzen auf Auktionen sowie hoch erfolgreiche Sportpferde, wie z.B. der unter Tochter Sandra in der Vielseitigkeit bis zur deutschen Meisterschaft siegreiche Oldenburger Carlos oder Archi Bunker, Gewinner auf dem höchstdotierten Turnier der Welt in Spruce Meadows (Calgary, Kanada) im Jahr 2010 unter dem Sattel von John Pearce. Weitere selbstgezogene Pferde, die hocherfolgreich von Sandra im Sport vorgestellt wurden/werden, sind u.a. Derby-Spezialistin Nupafeed's La Vista, Landlord, Steve oder der Oldenburger Landeschampion Comcador.
Die Basis der renommierten Zucht sind die Stammstuten Wischnu, geb. 85 (Weinstern – Lugano – Domspatz) und Wiska, geb. 1986 (Wanderer – Pik König – Weiler), auf die auch heute noch die meisten der Zuchtstuten auf dem Hof zurückgehen.
